比较蛋白质组学是蛋白质组学研究中应用最广泛的领域，可用于疾病标志物研究、不同条件刺激下生物体或细胞的变化等不同领域。一般情况下，蛋白组研究中质谱的主要功能是鉴定蛋白质，定量是通过其它方法实现，如标记或染色等。目前，不借助其它方法，质谱可同时实现蛋白质的定性和定量，即label-free 定量蛋白质组研究。
＝＝＝＝三种定量蛋白组学的平均偏差＝＝＝＝
来自ABRF评测结果：http://abrf.org/index.cfm/group.show/Proteomics.34.htm
Gel Based Methods: 36%
Isotopic Labeling Methods :42%
Ion Current Methods (Label-free): 23%