北京傅立叶变换质谱中心在2004年由国家科技部、北京市科委和军事医学科学院国家生物医学分析中心联合投资共建。核心仪器是9.4T混合型四极杆傅里叶变换离子回旋共振质谱仪（Q-FT-MS），此外中心还有十余台质谱仪配套设施，主要用于新药研发、生物反恐、药物和毒物分析、蛋白质组学、代谢组学、生物医学分析、食品和环境卫生分析等体系，为我国在上述领域的科学研究、新药产品开发和社会经济活动提供重要的技术支撑和服务。中心已通过国家计量认证和“中国实验室国家认可”，可提供权威的分析数据和检测报告。